統合細胞システム研究チーム

私たちの研究目標は次の2つです。

 

  1. トランスオミクス(*)の方法論に基づき、複数のオミクス階層にまたがる代謝制御のメカニズムをシステムとして理解する

  2. トランスオミクスの解析手法を開発する

 

(*) トランスオミクス: 同一条件下で調製された試料由来の多階層オミクスデータを統合し、複数のオミクス階層にまたがる大規模ネットワークをメカニスティックに再構築する方法論。

 

多階層オミクスデータを取得するため、マウス等の実験動物や培養細胞を用いるいわゆるウェットの定量的実験を行い、得られたデータから大規模多階層ネットワークを再構築するドライの数理・情報解析を行います。

 

 

図. リン酸化プロテオームとメタボロームの2階層にまたがる大規模代謝制御ネットワークの概念図 [Yugi et al. (2014) Cell Rep. などを参照]

 

ポスドク、大学院生として私たちの研究室に参加する方法についてはメンバーのページをご覧ください。

 

私たちの研究室からは、以下の研究課題が採択されています。

 
  1. 科学研究費補助金・新学術領域研究(研究領域提案型)「マルチスケール精神病態の構成的理解」(課題名:精神病態の分子基盤解明を可能にする次世代トランスオミクス技術の開発​)​

 

過去に採択された研究課題:

 
  1. 科学技術振興機構・戦略的創造研究推進事業さきがけ「疾患における代謝産物の解析および代謝制御に基づく革新的医療基盤技術の創出」(課題名:トランスオミクス解析による多剤併用療法の合理的設計と多因子代謝疾患の制御)​​

  2. 科学研究費補助金・若手研究(A) 「トランスオミクスによる疾患特異的ネットワークの同定と制御​」


過去のお知らせ

 

2021年3月10日(水) 17:00 より、カリフォルニア大学サンフランシスコ校の Dr. Karl Kochanowski によるセミナーをオンラインで開催いたします

 
Applying lessons from microbiology to dissect impact of metabolic environment on cancer cells
 

Dr. Karl Kochanowski

University of California San Francisco

 

Cancer cells, like microbes, live in complex metabolic environments. Recent evidence suggests that microbial behavior across metabolic environments is well described by simple empirical growth relationships, or growth laws. Do such empirical growth relationships also exist in cancer cells? To tackle this question, we developed a microbiology-inspired approach to systematically search for empirical growth relationships in three common cancer cell phenotypes, namely drug-treatment survival, cell migration, and the Warburg effect. In my talk, I will discuss how this approach enabled us to dissect the interplay between growth, metabolism, and cancer phenotype in a quantitative manner, and highlight some of the surprising insights about the impact of metabolism on the Warburg effect.

 

参考論文

Kochanowski et al. (2021) Cell Reports, 34(3):108647.

Systematic alteration of in vitro metabolic environments reveals empirical growth relationships in cancer cell phenotypes​

 

参加希望の方は hiromi.akita [at] riken.jp までメールをいただければ Zoom の URL を送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。