代謝ネットワーク研究チーム

PUBLICATIONS

 

1.   Takeuchi T, Kubota T, Nakanishi Y, Tsugawa H, Suda W, Kwon AT, Yazaki J, Ikeda K, Nemoto S, Mochizuki Y, Kitami T, Yugi K, Mizuno Y, Yamamichi N, Yamazaki T, Takamoto I, Kubota N, Kadowaki T, Arner E, Carninci P, Ohara O, Arita M, Hattori M, Koyasu S, Ohno H. 2023. Gut microbiota carbohydrate metabolism contributes to insulin resistance. Nature 621: 389-395. [Journal]

 

 

2.   Kobayashi A, Azuma K, Takeiwa T, Kitami T, Horie K, Ikeda K, Inoue S. FRET-based respirasome assembly screen defines potential therapeutic intervention that improves muscle mitochondrial respiration and exercise performance. 2023. Nature Communications 14: 312. [Journal]

 

 

3.  Takeuchi T, Miyauchi E, Kanaya T, Kato T, Nakanishi Y, Watanabe T, Kitami T, Taida T, Sasaki T, Negishi H, Shimamoto S, Matsuyama A, Kimura I, Williams IR, Ohara O, Ohno H. 2021. Acetate differentially regulates IgA reactivity to commensal bacteria. Nature 595: 560-564.  [PubMed] [Journal]

 

 

4.   Mencke P, Boussaad I, Romano CD, Kitami T, Linster CL, Krüger R. 2021. The role of DJ-1 in cellular metabolism and pathophysiological implications for Parkinson's disease. Cells 10(2):347. [Journal]

 

 

5.   Kitami T, Fukuda S (co-first), Kato T  (co-first), Yamaguti K, Nakatomi Y, Yamano E, Kataoka Y, Mizuno K, Tsuboi Y, Kogo Y, Suzuki H, Itoh M, Morioka MS, Kawaji H, Koseki H, Kikuchi J, Hayashizaki Y, Ohno H, Kuratsune H, Watanabe Y. 2020. Deep phenotyping of myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome in Japanese population. Scientific Reports 10:19933. [Journal]

 

 

6.   Tran UT & Kitami T. 2019. Niclosamide activates the NLRP3 inflammasome by intracellular acidification and mitochondrial inhibition. Communications Biology 2:2. [Journal]

 

興味深いところ: 化合物スクリーニング手法を炎症機構の解析に用いることで、炎症におけるミトコンドリアの役割を明確にすることができました。このスクリーニングからミトコンドリア阻害剤であるニクロサミド（殺虫剤）が炎症を活性化できることを発見しました。このお薬は、ミトコンドリアだけでなく、解糖系も阻害し、両方のATP産生を止めることで、細胞内カリウム濃度の低下、更に炎症性の細胞死を引き起こすことを見つけました。

 

 

7.   Kaji T, Hijikata A, Ishige A, Kitami T, Watanabe T, Ohara O, Yanaka N, Okada M, Shimoda M, Taniguchi M, Takemori T. 2016. CD4 memory T cells develop and acquire functional competence by sequential cognate interactions and stepwise gene regulation. International Immunology 28: 267-82. [PubMed] [Journal]

 

 

8.   Sancak Y, Markhard AL, Kitami T, Kovács-Bogdán E, Kamer KJ, Udeshi ND, Carr SA, Chaudhuri D, Clapham DE, Li AA, Calvo SE, Goldberger O, Mootha VK. 2013. EMRE is an essential component of the mitochondrial calcium uniporter complex. Science 342: 1379-82. [PubMed] [Journal]

 

 

9.   Kitami T, Logan DJ, Negri J, Hasaka T, Tolliday NJ, Carpenter AE, Spiegelman BM, Mootha VK. 2012. A chemical screen probing the relationship between mitochondrial content and cell size.  PLoS ONE 7(3) e33755. [Journal]

 

興味深いところ: ミトコンドリアを標的とした治療薬を見つけるため、細胞内のミトコンドリア量を増やすお薬を探索しました。3万以上の化合物を検証した結果、ほとんどのお薬は細胞のサイズを大きくすることで、一細胞あたりのミトコンドリア量を増やしていました（でも目的としていたミトコンドリアの濃度[ミトコンドリア量 / 細胞サイズ] を増やすお薬はごくわずかでした）。この細胞サイズとミトコンドリア量の比率は、40年以上前にミトコンドリア生物学者であるAttardi博士が発見されたことを [Posakony et al. 1977]、今回スクリーニングで再度見つけました。

 

 

10.   Jain M, Nilsson R, Sharma S, Madhusudhan N, Kitami T, Souza AL, Kafri R, Kirschner MW, Clish CB, Mootha VK. 2012. Metabolite profiling identifies a key role for glycine in rapid cancer cell proliferation. Science 336: 1040-1044. [PubMed] [Journal]

 

 

11.   Wagner BK*, Kitami T* (co-first), Gilbert TJ, Peck D, Ramanathan A, Schreiber SL, Golub TR, Mootha VK. 2008. Large-scale chemical dissection of mitochondrial function. Nature Biotechnology 26: 343-351. [PubMed] [Journal]

 

興味深いところ: ミトコンドリア関連のアッセイ系は、細胞生存のアッセイとしてスクリーニングでよく使われています。しかし、これらを3000個程の化合物スクリーニングでパラレルに検証してみると、必ずしも同じパターンは得られませんでした（このアッセイの性質は他でも詳しく紹介されています）。これらのパラレルに測定した大型データを解析することで、新しいミトコンドリア毒性の発見、化合物の標的の同定、また新しいミトコンドリアの性質の発見などにつながりました。