Databases & Technologiesデータベース・技術紹介
Databases
理研IMSは、個人情報の秘匿性とサイエンスにおけるOpennessという双方の重要性を認識し、他機関と協力しながら、人類の健康・疾患克服のために貢献していきます
- IMSが公開・登録したヒトゲノム解析データの一覧
- IMSが公開しているヒトゲノムデータや要約統計量データの一覧
- Reference Database of Immune Cells (RefDIC)
- 免疫細胞や免疫組織に特化した免疫 ゲノミクスデータベース（英語）
- ZENBU
- RNAseq、ChipSeq、CAGEおよびその他のタイプの次世代シーケンスタグ（NGS）ベースのデータ用に強化されたデータを統合し、データ分析のために視覚化されたシステム（英語）
- FANTOM
- FANTOMプロジェクトで構築された各種データベースのポータルサイト（英語）
- refTSS
- ヒト・マウスを対象とした転写開始点のリファレンスデータ（英語）
- SCPortalen
- 一細胞RNA-Seq公開データを対象とした最新QCならびに基本的なデータ解析処理結果をまとめたデータリポジトリ（英語）
ソフトウェア
- MENTR
- DNA配列を入力として、非コードRNAの発現レベルを細胞種ごとに予測
- MOPLINE
- Short read全ゲノムシーケンスデータを用いて構造多型を高い精度で同定するツール
- scDeepInsight
- シングルセルRNA-seqデータから細胞種を同定するツール
- DeepInsight-3D
- マルチオミクスと深層学習で抗がん剤の奏効を予測するツール
- DeepFeature
- 遺伝子などの非画像データから深層学習で特徴を抽出するツール
- DeepInsight
- 遺伝子などの非画像データを深層学習で扱えるようにする解析ツール
Protocol
- CAGE
- プロモーターごとの遺伝子発現をゲノムワイドに調べる方法
- SINEUPs
- 任意の標的mRNAからのタンパク質翻訳を促進することができるツール（英語）