Databases

理研IMSは、個人情報の秘匿性とサイエンスにおけるOpennessという双方の重要性を認識し、他機関と協力しながら、人類の健康・疾患克服のために貢献していきます

• [理研IMSにおけるヒトゲノム情報データの共有に関する基本的な考え方について]

• IMSが公開・登録したヒトゲノム解析データの一覧

  IMSが公開しているヒトゲノムデータや要約統計量データの一覧

• Reference Database of Immune Cells (RefDIC)

  免疫細胞や免疫組織に特化した免疫 ゲノミクスデータベース（英語）

  

• ZENBU

  RNAseq、ChipSeq、CAGEおよびその他のタイプの次世代シーケンスタグ（NGS）ベースのデータ用に強化されたデータを統合し、データ分析のために視覚化されたシステム（英語）

  

• FANTOM

  FANTOMプロジェクトで構築された各種データベースのポータルサイト（英語）

  

• refTSS

  ヒト・マウスを対象とした転写開始点のリファレンスデータ（英語）

• SCPortalen

  一細胞RNA-Seq公開データを対象とした最新QCならびに基本的なデータ解析処理結果をまとめたデータリポジトリ（英語）

ソフトウェア

• MENTR

  DNA配列を入力として、非コードRNAの発現レベルを細胞種ごとに予測

• MOPLINE

  Short read全ゲノムシーケンスデータを用いて構造多型を高い精度で同定するツール

• scDeepInsight

  シングルセルRNA-seqデータから細胞種を同定するツール

• DeepInsight-3D

  DNA配列を入力として、非コードRNAの発現レベルを細胞種ごとに予測

• DeepFeature

  Short read全ゲノムシーケンスデータを用いて構造多型を高い精度で同定するツール

• DeepInsight

  シングルセルRNA-seqデータから細胞種を同定するツール

Protocol

• CAGE

  プロモーターごとの遺伝子発現をゲノムワイドに調べる方法

• SINEUPs

  任意の標的mRNAからのタンパク質翻訳を促進することができるツール（英語）

• [理研IMS研究者が貢献・公開したデータベース、ソフトウエア、プロトコル（概要）]